Estudio por cristalografía de rayos X de la interacción de ligandos con la proteína de la cápside del virus del mosaico de la sandía

Abstract

[ES] Los virus de plantas son unos de los principales causantes de enfermedades de cultivos. El grupo más numeroso de estos patógenos es el de los virus filamentosos y flexibles de plantas, que es el responsable de más del 50% del daño viral y, por consiguiente, de grandes pérdidas económicas. Comprende a más de 460 especies distribuidas en cuatro familias y sus proteínas de la cápside (CP) presentan un sitio de unión al RNA conservado. Esta región tiene importancia en el ensamblaje de los viriones. Por ello, se ha querido estudiar la interacción de diferentes compuestos, potencialmente antivirales, con este sitio de unión por cristalografía de rayos X, en concreto, en la CP del Virus del mosaico de la sandía. En este trabajo se purificó la proteína nativa y la marcada con selenometionina para su posterior cristalización con diferentes ligandos en más de 2000 condiciones. De los cristales analizados, sólo aquellos con la CP nativa difractaron y dieron lugar a patrones de difracción a una resolución máxima de 3,28 Å. Aunque los conjuntos de datos pudieron ser procesados en el grupo espacial P6, se observaron algunas reflexiones que no provenían de este tipo de organización. A pesar de ello, se hicieron diferentes intentos de resolver la estructura por reemplazamiento molecular, sin hallar aún una solución.

[EN] Plant viruses are one of the main causes of crop diseases. The largest group of these pathogens is formed by filamentous and flexible plant viruses, which are responsible for more than 50% of the viral damage and, consequently, for significant economic losses. The group comprises more than 460 species distributed in four families whose capsid proteins (CPs) have a conserved RNA binding site. This region is important in the assembly of virions. For this reason, we wanted to study the interaction of different potentially antiviral compounds with this binding site by X-ray crystallography, specifically, using the CP of the Watermelon mosaic virus. In this work, native protein and protein marked with selenomethionine were purified for their subsequent crystallization with different ligands in more than 2000 conditions. Of the analyzed crystals, only those of native CP diffracted and gave diffraction patterns at a maximum resolution of 3.28 Å. Although the datasets could be processed in the space group P6, some reflections that did not come from this type of organization were observed. Despite this, different attempts were made to solve the structure by molecular replacement, but no solution has been found yet.