Genomotipificación de Camylobacter jejuni mediante microarrays de ADN

Abstract

[ES] Campylobacter jejuni es una de las principales causas de diarrea bacteriana a nivel mundial y el antecedente más común en neuropatías periféricas como el síndrome Guillain Barré y Miller Fisher. Determinar las diferentes fuentes de infección de Campylobacter ha sido un objetivo largamente perseguido por Gobiernos, Instituciones y científicos en los últimos años. A pesar de todos los esfuerzos, las contribuciones realizadas no permiten determinar con exactitud las diferentes fuentes de infección, lo cual ha dificultado el establecimiento de estrategias eficaces de control para reducir la presencia de C. jejuni en la cadena alimentaria. Más recientemente, el interés se ha volcado en la utilización del genoma completo ya que la secuenciación del mismo ha permitido el desarrollo de microarrays que permiten estudiar multitud de genes, simultáneamente. Debido a todo esto, la finalidad del trabajo fue determinar el grado de variabilidad (diversidad y/o posible plasticidad) genómica entre cepas de Campylobacter jejuni procedentes de diversas áreas geográficas y diferentes fuentes de aislamiento, al objeto de detectar posibles genes que pueda emplearse como marcadores genéticos. Para ello, nuestros objetivos específicos fueron los siguientes: 1. Determinar las condiciones experimentales más adecuadas para la hibridación en el microarray de ADN, asegurando la reproducibilidad entre ensayos, minimizando la presencia de hibridaciones cruzadas y asegurando la discriminación entre las señales de fluorescencia para los genes presentes y los ausentes o divergentes. 2. Confeccionar una colección multigeográfica de cepas de C. jejuni que incluya aislamientos no clonales, según alelos de la región SVR (Short Variable Region) del gen flaA, aislados en muestras humanas y de pollo. 3. Analizar la colección de cepas seleccionadas mediante CGH (Comparative Genomic Hybridization) utilizando microarrays de ADN (genoma universal), con el fin de encontrar posibles marcadores predictivos.4. Determinar el grado de variabilidad y estructura genética que presentan las cepas seleccionadas mediante métodos bayesianos de inferencia filogenética.

[EU] Campylobacter jejuni gaur egungo beherako bakteriarraren zio nagusienetarikoa da mundu mailan eta era berean Guillain Barré eta Miller Fisher bezalako gaitz neurologiko periferikoen aitzindari ohikoena. Campylobacteren infekzio iturri desberdinen bilatzea, azken urteotan Gobernu, Instituzio eta zientzialariek asko jarraitu eta desiratutako helburu bat izan da. Egindako esfortzu guzti hauek ere, eskainitako kontribuzioek ez dute ahalbidetzen infekzio iturria zehaztea, honek elika-katean C. jejuniren presentzia murrizteko kontrol estrategia eraginkorren bilatzea asko zaildu du. Oraintsu, genoma osoaren azterketarengan jarri da interesa, honen sekuentziazioak microarrayen garatzea suposatu baitu gene ugariren azterketarako, aldi berean. Hau guzti hau dela eta, eta markatzaile genetiko gisa erabiltzeko geneak identifikatzeko asmoarekin, jatorri geografiko eta bakartze iturri desberdinetatiko Campylobacter jejuni anduien artean aldakortasun genomikoa (dibertsitatea edota plastikotasun posiblea) determinatzea izan zen helburu lan honetan. Honetarako, gure helburu espezifikoak honakoak izan ziren: 1. DNA microarrayan gertatutako hibridazioentzako baldintza esperimental egokienak determinatu, entseguen arteko erreproduzigarritasuna bermatzeko, gurutzatutako hibridazioak murrizteko eta fluoreszentzia seinaleen artean geneen presentziak eta absentziak edo dibergentzia bereizteko. 2. flaA genearen SVR (Short Variable Region) eremuaren aleloetan oinarrituta, giza eta oilasko laginetatik bakandutako eta bakartze ez klonalak dituen C. jejuni anduien bilduma multigeografiko bat eraiki. 3. Markatzaile igarle posibleak topatzeko asmoarekin, anduia bilduma CGH (Comparative Genomic Hybridization) bidez, DNA microarrayak (genoma unibertsala) erabiliz, analizatzea. 4. Aukeratutako anduiek aurkezten duten aldakortasun maila eta estruktura genetikoa determinatu inferentzia filogenetikoan oinarritutako metodo bayesiarrak erabiliz.