Analysis of Escherichia coli and Vibrio harveyi gene expression

Abstract

La clase Gammaproteobacteria es una de las más diversas del dominio Bacteria tanto taxonómica como metabólicamente. Gracias a su diversidad y plasticidad genómica, las gammaproteobacterias son ubicuas y pueden encontrarse en diversidad de entornos. Para prosperar en condiciones cambiantes, las bacterias deben adaptarse y, consecuentemente, despliegan diferentes mecanismos de regulación que resultan en cambios proteómicos y transcriptómicos. Dos miembros notables de la clase Gammaproteobacteria son Escherichia coli y Vibrio harveyi. E. coli pertenece a la familia Enterobacteriaceae y es un miembro común de la microbiota intestinal del ser humano. La microbiota intestinal podría verse afectada por los sulfitos, comúnmente usados como conservantes alimenticios. A pesar de que estudios recientes han revelado sus efectos en levaduras y células de mamífero, todavía no se conocen sus efectos en enterobacterias. En este estudio utilizamos diferentes técnicas de biología molecular para revelar los cambios proteómicos y transcriptómicos que E. coli experimenta en respuesta a la presencia de sulfitos. Nuestros datos sugieren que la exposición a una concentración subletal de sulfitos es capaz de inhibir temporalmente el crecimiento bacteriano. En esta fase de inhbición, E. coli reprograma su expresión genética para eliminar los sulfitos y minimizar sus efectos potencialmente dañinos en biomoléculas. V. harveyi es una bacteria acuática perteneciente a la familia Vibrionaceae. A diferencia de otros miembros de la familia, V. harveyi está menos estudiado y los elementos clave de su genoma se desconocen. En este estudio recurrimos a la secuenciación diferencia de RNA para construir un mapa de sitios de inicio de la transcripción, revelando el transcriptoma primario de V. harveyi así como numerosos nuevos genes y RNAs antisentido potencialmente involucrados en el control de la adaptación bacteriana al estrés.